เมื่อข่าวการแต่งตั้งกระจายออกไป พระเถระผู้ใหญ่ทั้งในฝ่ายมหานิกายและธรรมยุต ได้ออกมาแสดงความเห็นในทางไม่เห็นด้วย ทั้งในเรื่องอายุพรรษาของพระราชรัตนมงคล ซึ่งแม้จะผ่าน 20 พรรษาไปแล้ว แต่เมื่อเทียบกับตำแหน่งกรรมการมหาเถรสมาคมแล้ว ก็เห็นว่า "ยังเด็กเกินไป" รวมทั้งสมณศักดิ์ของพระราชรัตนมงคลซึ่งยังไม่สูงส่งเพียงพอต่อการดำรงตำแหน่งกรรมการมหาเถรสมาคม อันเป็นตำแหน่งในองค์กรสูงสุดคือมหาเถรสมาคม เสมือนคณะรัฐมนตรี ซึ่งจะมีอำนาจในการบริหารและปกครองคณะสงฆ์ทั้งประเทศ และสุดท้าย พระผู้ใหญ่ในฝ่ายธรรมยุตก็ได้หาทางออก โดยการ "ขอคืน" พระลิขิตนั้น ส่งผลให้การแต่งตั้งพระราชรัตนมงคลตกไป ถึงกระนั้น การแต่งตั้งครั้งนั้นก็ถูกบันทึกไว้ในประวัติศาสตร์คณะสงฆ์ไทยไปแล้ว บ้างว่าเป็นพระลิขิตปลอม บ้างว่าพระราชรัตนมงคลมักใหญ่ใฝ่สูงเกินตน บ้างว่าสมเด็จพระสังฆราชทรงฟั่นเฟือนถูกคณะศิษย์ครอบงำ ไม่สามารถปฏิบัติศาสนกิจได้ตามปกติ ฯลฯ ซึ่งข่าวเหล่านี้ล้วนแต่เป็นผลลบต่อองค์สมเด็จพระสังฆราชและคณะสงฆ์วัดบวรนิเวศวิหาร

อย่างไรก็ดี การขอคืนพระลิขิตนั้น ก็ได้ระงับความเสียหายอันจะเกิดจากการดำรงตำแหน่งกรรมการมหาเถรสมาคมของพระราชรัตนมงคล มิให้ลุกลามเลยเถิด ถึงทุกวันนี้ก็ยังน่าชื่นชมพระเทพสารเวที (บุญยนต์ ปุญญาคโม) เลขานุการสมเด็จพระสังฆราช ที่กล้าหาญดึงฟืนออกจากกองไฟเสียแต่ต้นดังกล่าว นับเป็นเป็นแบบอย่างอันดีงามของสังฆมณฑลไทยมาจนถึงปัจจุบัน

วันที่ 13 มกราคม พ.ศ.2547 มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่องแต่งตั้งคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช โดยรัฐบาลได้อ้างเหตุผลว่า "โดยที่พระสุขภาพทรุดโทรมลงตามพระวัสสายุกาล สมควรจัดให้ประทับพักผ่อนเพื่อรับการถวายดูแลรักษาโดยคณะแพทย์อย่างเต็มที่และต่อเนื่องไม่มีภาระงานใดๆ มารบกวน จนก่อให้เกิดความตรากตรำหรือความกังวลพระทัย อีกทั้งเพื่อรักษาความต่อเนื่องของการบริหารพระศาสนามิให้ต้องสะดุด เพราะขาดผู้รับผิดชอบวินิจฉัย สั่งการหรือบังคับบัญชา ประการสำคัญคือ เพื่อเป็นการรักษาพระเกียรติยศ มิให้มีผู้อ้างพระสุขภาพหรือพระอาการประชวร กระทำการใด อันอาจก่อความเสียหายหรือแอบอ้างนำพระบัญชา พระลิขิต หรือพระนามไปแสวงหาประโยชน์แก่ตนเองหรือผู้อื่น"

จึงแต่งตั้งให้ "สมเด็จพระพุฒาจารย์ วัดสระเกศ" เป็นผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช

สมเด็จพระพุฒาจารย์จึงได้เป็นประธานคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราชมาตั้งแต่นั้น เพราะสาเหตุว่า "สมเด็จพระสังฆราชทรงแก่เกินไป ไม่สามารถทรงงานได้ตามปกติ"

แต่ในวันที่ 20 เมษายน พ.ศ.2554 ที่ผ่านมา ปรากฏว่ามีมติมหาเถรสมาคม โดยสมเด็จพระพุฒาจารย์เป็นประธาน ได้แต่งตั้งให้พระโสภณปริยัติเวที (สายชล ฐานวุฑฺโฒ ป.ธ.9) อายุ 45 พรรษา 25 ตำแหน่งผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดชนะสงคราม และรองเจ้าคณะภาค 1 ขึ้นดำรงตำแหน่งเจ้าคณะภาค 1 ปกครองคณะสงฆ์ใน 4 จังหวัด ได้แก่ กรุงเทพมหานคร นนทบุรี ปทุมธานี และสมุทรปราการ และแต่งตั้งให้พระศรีศาสนวงศ์ (มีชัย วีรปญฺโญ ป.ธ.9) อายุ 46 พรรษา 25 ตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดหงส์รัตนาราม ให้ดำรงตำแหน่งรองเจ้าคณะภาค 1 อีกด้วย

แต่ถ้ามหาเถรสมาคมไม่ยอมหยิบยกขึ้นมาพิจารณา หรือหยิบยกแต่ยังยืนยันมติเดิมไม่เปลี่ยนแปลง เพราะเห็นว่าความเห็นของพระพรหมโมลีนั้นชอบแล้ว ก็แสดงว่ามหาเถรสมาคมไม่ได้สนใจต่อหัวอกหัวใจของพระภิกษุสามเณรผู้ใต้บังคับบัญชา จึงดึงดันเหยียบย่ำดูถูก ประหนึ่งว่าพระภิกษุสามเณรทั่วประเทศเป็นทาสที่จะกระทำอย่างไรก็ได้ โดยไม่ต้องฟังเสียงอะไรเลย ทำผิดระเบียบประเพณีอันดีงามก็ยังกล้า และท้าทายต่อกระแสโลภาภิวัฒน์อันเชี่ยวกราก ก็คงยากที่พระภิกษุสามเณรทั่วโลกจะให้ความเคารพนับถือในองค์กรปกครองสงฆ์ที่ชื่อว่า "มหาเถรสมาคม" ภายใต้การนำของสมเด็จพระพุฒาจารย์อีกต่อไป

แต่เมื่อมหาเถรสมาคมโดยสมเด็จพระพุฒาจารย์ ได้ปล่อยให้ชื่อของพระโสภณปริยัติเวที ขึ้นดำรงตำแหน่งเจ้าคณะภาค 1 โดยที่ยังมีพระเถระ-พระมหาเถระอีกมากมายที่เหมาะสมกว่า ก็แสดงให้เห็นว่าสมเด็จพระพุฒาจารย์นั้น แก่เฒ่าเลอะเลือนเกินกว่าที่จะควบคุมการประชุมมหาเถรสมาคมได้แล้ว จึงปล่อยให้มีการลักไก่อย่างมโหฬาร เมื่อเป็นเช่นนั้น ความชอบธรรมในการดำรงตำแหน่งประธานคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช ของสมเด็จพระพุฒาจารย์ ก็คงจะเป็นอันสิ้นสุด เพราะท่านเองก็ชราทุพลภาพไม่ต่างจากสมเด็จพระสังฆราชไปเสียแล้ว

เมื่อวันที่ 10 มกราคม พ.ศ.2554 ที่ผ่านมา มหาเถรสมาคม โดยการเสนอของพระพรหมโมลี เจ้าคณะภาค 1 ให้ปลดพระเทพเวที (ยิ้ม ภทฺรธมฺโม ป.ธ.9) เจ้าอาวาสวัดอนงคาราม ออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาส ด้วยข้อหา "บกพร่องในหน้าที่อย่างร้ายแรง" ซึ่งในตอนท้ายนั้น สมเด็จพระพุฒาจารย์ ได้กล่าวว่า "พระเทพเวทีไม่น่ามาเสียคนตอนแก่เลย"

วันที่ 20 พฤษภาคม ศกนี้ จะเป็นวันชี้ขาดว่า สมเด็จพระพุฒาจารย์ จะมาเสียคนตอนแก่ เหมือนเคยว่าให้พระเทพเวทีหรือไม่ ?